Director de estudios de l’École des Hautes Études en Sciences Sociales de París, miembro de la sección científica de la Casa de Velázquez entre los años 1968-1971, director de estudios entre 1977-1978, y secretario general de dicha institución entre los años 1978-1982. Ha sido codirector del programa interuniversitario iberoamericano del Doctorado y Maestría en Historia de la Universidad Internacional de Andalucía, 2006, entre otros cargos y funciones. Algunas de sus obras más reconocidas son: (2003) Historia de los moriscos. Vida y tragedia de una minoría, con Antonio Domínguez Ortiz; (1985) Andalucía en la Edad Moderna: economía y sociedad; (1987) Minorías y marginados en la España del siglo XVI; (1992) 1492, El año admirable; (2000) Los siglos de oro, con Bartolomé Bennassar. (2004) España en tiempos del Quijote; (2006) El río morisco, Biblioteca de estudios moriscos.